Vakıflar Genel Müdürlüğü'ne bağlı olan ve İstanbul'un Beyazıt İlçesi'nde bulunan Türk Vakıf Hat Sanatları Müzesi II. Beyazıt Külliyesi'ne ait olan Beyazıt Medresesi içindedir. Daha önce giriş kapısının sağında, büyük dikdörtgen havuz bulunduğundan, halk arasında "Havuzlu Medrese" olarak da tanınmaktadır. Padişah II. Beyazıt tarafından 1506-1508 yıllarında yaptırılmıştır.
Müzenin bulunduğu medresenin tarihçesi: Medresenin inşası, 1506-1508 de tamamlanmıştır. Caminin inşası 1497-1506 yılarındadır, Ancak Vakıflar Genel Müdürlüğü'ndeki Vakfiye, 1505 tarihini taşımaktadır. Bu durum, caminin tamamlandıktan sonra, külliyenin vakıf kapsamına alındığını Beyazıt Medresesi'nin vakfiyesinde, şeyhülislamların müderrislik yapması şart koşulmuştur. Ancak şeyhülislamların işlerinin yoğunluğu nedeni ile, eğitim için yerlerine vekil tayin ettikleri ve böylece ders vekaleti müessesesinin doğduğu anlaşılmaktadır. Camiinin kuzey batısında ve biraz uzağında olan klasik medrese planındaki II. Beyazıt Medresesi, merkezi bir dershanenin üç tarafında, sade silmeli, girişte kırmızı beyaz taşlar ve tacındaki tomurcuklarla ekleyici bir görünümü vardır. Baklavalı köşeliklere oturan kubbeli, iki yanında setlere sahip bir alandan sonra basık kemerli sade silmeli kapıyla karşılaşılır. Kapı üzerinde, sarı ve siyah boya ile yapılmış Rumî ve hatâîlerden oluşan bir alınlık bulunmaktadır. Normal odalar, kareye yakın planlıdır. Köşe odalar ise daha büyüktür. Köşe odalarda, üç adet alt, bir adet üst pencere bulunmaktadır. Revak 25 kubbelidir. Sol kolda üstü tonozlu bir geçit yer almaktadır. Bu geçidin işlevi anlaşılmamaktadır. Bir olasılıkla, buraya bağlı bir bölüme geçiş için kullanıldığı düşünülmektedir. Dershane binası, revaklardan 3.65 metre uzakta olup aralarında sadece bir duvar bağlantısı vardır. Dokuz alt ve on iki üst penceresi bulunmaktadır. Yanlarda birer dolap yeri vardır. Ocak bulunmamaktadır. Kubbe kemeri yuvarlak, kapı kemeri pembe beyaz mermerdendir ve kubbe kasnağı sekiz kemerlidir. Giriş kapısı önünde, ince mermer sütuna basan ve sonradan eklendiği tahmin edilen ahşap bir saçak vardır.
Şadırvan, kaidesiz altı sütun üstünde, baklava başlıklı bir saçağa sahiptir. Havuz kısmı ise, sekiz kemerli olup, sade bir eserdir. Gerek dershane, gerek medrese kapısında kitabe yoktur. Medrese, birçok onarım görmüştür. Beyazıt Medresesi, medreselerin kapatılmasından sonra, evrak tevzi yeri, fakirler için yerleşme yeri, bir süre yurt ve nihayet Belediye Müzesi ve Umumi Kütüphane olarak kullanılmıştır. 1943'dan sonra Gazanfer Ağa Medresesi'nin onarımı üzerine, Belediye İnkılâp Müzesi, Beyazıt Medresesi'nden Gazanfer Ağa' ya taşınmış burada sadece kütüphane kalmıştır. İlk defa, 1968 yılında Yavuz Selim Medresesi'nde açılan Yazı Müzesi, Bayezid Medresesi'nin Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından restore edilmesinden sonra, 28 Ekim 1984 tarihinde, Türk Vakıf Hat Sanatları Müzesi adı ile ziyarete açılmıştır. Yazma ve levha eserlerin yanı sıra, çeşitli malzeme üzerine, (taş, cam, kumaş, maden) yazılmış eserlerin bulunduğu müzede, 277 adedi sergide olmak üzere toplam 3638 eser mevcuttur. Dershane odasında da kutsal emanetler sergilenmektedir. Müzedeki eserler, yazı çeşitlerine göre ayrılarak, eğitici olması ön planda tutularak sergilenmiştir. Müze bahçesinde Ahmet Ziya Bey tarafından yapılmış iki güneş saati bulunmaktadır.
